ההסכם הקואליציוני בין הליכוד ליהדות התורה עורר סערה בעקבות חלק מהסעיפים בנושאי דת ומדינה, ואולי בעיקר - בעקבות ריבוי השינויים. מהפליה על רקע אמונה, דרך בתי הדין הרבניים ועד חמץ בבתי חולים - N12 עושה סדר בסעיפי ההסכם ובהשלכותיו:
אחד הסעיפים השנויים במחלוקת הוא הסעיף שעוסק בשינוי חוק איסור הפליה. על פי ההסכם ייקבע בחוק שבית עסק שיימנע מאספקת שירות או מוצר מטעמי אמונה דתית - לא ייפגע. היום (ראשון) ציינו חברי כנסת מהציונות הדתית כי בהתאם לכך בעל מלון יוכל לסרב לארח להט"בים ושיהיה אסור לכפות על רופא לתת טיפול בניגוד לאמונתו הדתית. נתניהו מיהר להגיב ואמר שהדברים אינם מקובלים עליו.
חברי הקואליציה המסתמנת מנמקים את התמיכה בכך שלא ראוי לכפות על בעל עסק פרטי לפעול בניגוד לאמונתו. אורי קידר, מנכ"ל ישראל חופשית, טוען שיש בכך צביעות. "הדברים האלה בסופו של דבר זה פשוט להחליט שהדין הישראלי מתכופף בפני הדין הדתי", הוא אומר. "הכל באיזו כסות מביכה של כביכול ליברליזם, הכל כביכול מצויר כזכויות של פרט, אבל זה לא זכויות של פרט כמובן - מה שמקבל פה קדימות נקרא לזה - ליברליזם מובחן לדתיים. כל אדם שיידע לנמק למה האפליה שהוא מבצע יש לה רקע דתי - אז זה הופך להיות לגיטימי. מגיעות לך פריווילגיות ברמה האישית והקבוצתית כל עוד תדע לנמק את זה בהתבסס על חוקים דתיים".
מלבד הסעיף הזה, עלו בהסכם שורת סעיפים נוספים - חוק יסוד: לימודי תורה, הרחבת הסמכות של בתי הדין הרבניים ולאפשר לבתי חולים לאסור על הכנסת חמץ בפסח. "הסיפור הגדול הוא הרוח הרחבה של הדברים", מציין עו"ד חגי קלעי, מומחה למשפט ציבורי. "מה שרואים זה שני דברים - אחד זה לחזק ההפרדה בין מוסדות שמשרתים דתיים למוסדות שמשרתים את כלל הציבור, כולל הרעיון של לאפשר לבתי הדין הרבניים לקיים בוררות אזרחית, זו פריצת גבול מאוד משמעותית. זה בעצם אומר להפוך אותם לבתי משפט מקבילים לבתי המשפט הרגילים".
"הדבר השני הוא פשוט הזרמה של כספים", הוא מוסיף, "הסעיף פה של הגדלת ההשתתפות בשירותי דת, שירותים שברובם נשלטים על ידי המפלגות החרדיות והדתיות, ומעבירים יותר כספים גם לאנשים שעובדים שם וגם לאוכלוסיות שמקבלות שירות שזה לא כלל האוכלוסייה".
לגבי הסעיף שעוסק בהרחבת הסמכות של בתי הדין הרבניים כך שתהיה להם סמכות בוררות בעניין אזרחי, התומכים בשינוי מסבירים שמדובר רק במקרים שכוללים את הסכמת שני הצדדים להליך. אורי קידר טוען שבכל זאת הסעיף מעורר קשיים: "אנחנו מבינים שלמשל אישה שלא נותנים לה גט, ואומרים לה 'באופן וולונטרי, בואי ננהל גם את הסוגיות הממוניות בבית דין רבני וככה אולי תקבלי גט', אז שמים לה אקדח על השולחן, זה מובן מאליו מה היא תצטרך לעשות".
לדברי עו"ד קלעי, יכולות להיות השלכות רחבות עוד יותר: "הבנייה של שתי מערכות מקבילות - אחת לדתיים ואחת לציבור הכללי, וההעדפה של המערכת שהיא לא לציבור הכללי - תשפיע על איכות השירותים שמקבלים".