גם שנים לאחר אירועי 11 בספטמבר, הגורמים הבכירים ביותר בארצות הברית הצהירו שאוסאמה בן לאדן נמצא בבריחה מתמדת, ואינו שולט בענייני ארגון הטרור אל-קאעידה. כעת, מכתבים נדירים שנלקחו ממקום המסתור שלו בפקיסטן ופורסמו על ידי כלי תקשורת בארצות הברית, מראים כיצד המנהיג ניהל את ענייני הארגון עד לרגעיו האחרונים, כשהוא שולח מכתבים והוראות לפקודיו, לצד איגרות אישיות לבני משפחתו.
"בן לאדן היה מאוד מעורב, גם בעניינים היומיומיים של הארגון", אומר איש מודיעין בכיר בארצות הברית. מנהיג אל-קאעידה, שעל ראשו הוצע פרס בשווי של לא פחות מ-27 מיליון דולר, הצליח לעשות זאת בעיקר בזכות רשת של שליחים שהוצבו במדינות שונות. בן לאדן עצמו מסביר כיצד הרשת הזו עבדה במכתביו, כמו זה שנשלח בתחילת שנת 2011 לאחת מרעיותיו, ממנה ביקש עצה כיצד ליצור הד תקשורתי סביב ציון עשור לפיגועי 11 בספטמבר.
"אני אבקש מהשליח שאיתך לקנות לך מחשב. אני מקווה שתעברי על הרעיונות שלי ותגידי לי מה דעתך. כמו כן, אני אבקש ממנו לקנות כרטיס סים, שתוכלי להשתמש בו כדי ליצור איתי קשר", כתב. "כמובן שאת מבינה מה החשיבות של זה, וכמה חשוב שננצל את התאריך הזה בתקשורת על מנת להעצים את ניצחון המוסלמים". לעיתים, הוא אף שאל על ילדיו והתעניין בלימודיהם בבית הספר. כמו כן, נתן ייעוץ לקרוביו בנושא האבטחה האישית שלהם.
במשך שנים רבות, נשיא ארצות הברית ג'ורג' בוש ויועציו הצהירו כי בן לאדן מתחבא במערה ומנסה להתחמק מהטילים שמשגרת ארצות הברית בניסיון לחסלו. אחד מיועציו של בוש אמר בנאום בשנת 2004 ש"בן לאדן מבלה את רוב זמנו בניסיון להבין איך הם הולכים להגיע אליו, ומתי זה יקרה", אך המסמכים הללו מראים כיצד למעשה הוא שימש כמנכ"ל הארגון גם בשנים הללו. רוב המסמכים שנתפסו על ידי לוחמי אריות הים במהלך החיסול, נכתבו ככל הנראה בשנים 2009-2011. אחד מהמסמכים שהותר לפרסום, כולל הוראות למפקד בארגון אל שבאב בסומליה כיצד לפגוע במטרות צרפתיות באם לא ניתן לפגוע במטרות אמריקאיות, ואף לחטוף אזרחים צרפתים.
המכתבים הללו חושפים בין היתר את פחדיו של בן לאדן: כך לדוגמה, במכתב ששלח לרעייתו, שאל אותה לגבי טיפול שיניים שקיבלה, והעלה חשש בצורה פרנואידית למדי שיתכן כי השתילו בגופה אמצעי מעקב מבלי שהייתה מודעת לכך. גם בחודשים האחרונים שלפני חיסולו בעיר אבוטאבאד על ידי לוחמי אריות הים, הוא המשיך לשאול את רעייתו לגבי טיפולים רפואיים שקיבלה, והציע לה לעבור סריקות אולטרסאונד על מנת לוודא שלא הושתל בגופה אמצעי מעקב. "אני מתנצל אם תמצאי על גופך פריט שכזה", כתב לה.