בתחילה הכריזו ראשי תנועת "האחים המוסלמים" שאין בכוונתם להציב מועמד לתפקיד נשיא מצרים, אבל כשתאריך הבחירות התקרב, העמדה הזו השתנתה. בתנועה האסלאמית טענו שהם מציבים מועמד "כדי להגן על ערכי המהפכה". למרות שמוחמד מורסי לא היה הבחירה הראשונה של התנועה לתפקיד הנשיא, היא הציבה אותו בראש "מפלגת הצדק והחופש המצרי".
מורסי בן ה-61 נולד בכפר במחוז שרקייה שבדלתת הנילוס. הוא נשוי ואב לארבעה ילדים. מורסי למד הנדסה באוניברסיטת קהיר בשנות ה-70, השלים תואר דוקטור בהנדסה בארצות הברית וחזר ללמד באוניברסיטת זגזיג במצרים.
מוחמד מורסי כיהן כחבר פרלמנט עצמאי בשנים 2000-2005 ובמצרים מציינים לטובה את יכולת הנאום הרטוריקה שלו. ב-2005 הוא הפסיד את המושב שלו בפרלמנט, האחים המוסלמים טענו אז שהוא הודח במרמה. הנשיא המצרי הנבחר קיבל גם בסיבוב הראשון בבחירות בחודש מאי את מספר הקולות הגבוה ביותר - 24% מקולות הבוחרים. גם במפלגתו הוא נחשב לשמרן ביותר. עם זאת, בחודשים האחרונים הוא מנהל דיאלוג מתמיד עם גורמים מערביים בניסיון להרגיע את החשש מבחירתו לנשיא.
מורסי מבטיח "יציבות, ביטחון, צדק ושגשוג"
במהלך מסע הבחירות שלו, הבטיח מורסי למצביעים "יציבות, ביטחון, צדק ושגשוג": ארבעה מאפיינים שנעדרו ממצרים של השנים האחרונות. מורסי אמר שהוא מתכוון ליישם בשלטון המצרי את הסיסמה של האחים, "האיסלאם הוא הפתרון". אבל אולי כדי למתן את החשש מיישום חוקי השריעה במדינה, הוסיף מורסי בדבריו שהוא מתכנן להפעיל שלטון "עם יחס מודרני לאיסלאם". הוא חזר שוב ושוב על ההצהרה לפיה התנועה לא מתכוונת להשתלט על כל מנגנוני הכוח המדינה ושהוא לא מתכוון להפוך את מצרים לתיאוקרטיה.
מורסי הגיש את מועמדותו לתפקיד הנשיא ביום האחרון בו ניתן היה לעשות זאת, רק אחרי שבתנועה חששו - ובצדק - שמועמדותו של המיליונר חריאת אל-שאתר, בכיר תנועת האחים המוסלמים, תיפסל. למרות החששות מאישיותו הלא-כריזמטית של מורסי, התנועה תחת הנהגתו הצליחה לזכות לרוב מרשים בבחירות לשני בתי הפרלמנט.
בנושא ישראל, מורסי הצהיר בעבר שהוא מתכוון לכבד את הסכמי השלום עם ישראל, אבל הוסיף שאין בכוונתו לפגוש בכירים מממשלת ישראל. עם זאת, אין לטעות: "האחים המוסלמים" רוצים להפוך את מצרים לרפובליקה מטעמם ומדובר ברגע היסטורי לכל דבר. מוחמד מורסי לא עומד לבטל את הסכמי השלום אבל בעתיד יבקש "לבחון אותם מחדש". זהו יום שאינו מבשר טובות ליחסים עם ישראל.
כעת במצרים מביטים הלאה אל העתיד. עדיין לא ברורות סמכויותיו המדויקות של מורסי מול המועצה הצבאית העליונה ששלטה מאז מפלת מובארק עד כה. לא ברור אם הוא ירכיב מממשלה לבדו או שיצטרך את אישור המועצה, גם למינוי שרי ההגנה והפנים המצריים, לא ברור האם בחירתו מבטלת את הבחירות לפרלמנט וייתכן שהוא יפוזר.