בניגוד לאוסמה בן לאדן, קודמו, היה איימן א-זוואהירי הרבה פחות מוכר לציבור ברחבי העולם. בעוד בן לאדן הפך בעיני רבים לפנים והשם של הטרור העולמי, במיוחד לאחר אסון התאומים ב-11 בספטמבר 2001, יורשו, אל-זוואהירי, שחוסל בסוף השבוע, היה הרבה פחות כריזמטי, מוכר ופעיל. בהתאם, ארגון אל-קאעידה תחת הנהגתו היה הרבה פחות פעיל במערב, במידה שרבים אף שכחו מקיומו.
א-זוואהירי, בן 71 במותו, נולד באחד מפרוורי קהיר במצרים, ונמנה בתחילת דרכו עם ארגון הג'יהאד האיסלאמי המצרי. הוא היה רופא, שהתמחה בכירורגיית עיניים, ובתחילת דרכו לצידו של בן לאדן פעל גם כרופאו האישי וטיפל בבכירי הארגון. מגיל צעיר זכה לחינוך דתי במיוחד, ונודע כגורם שהתנגד למשטר במצרים. כבר בצעירותו אימץ את משנתו הקיצונית של עבדאללה עזאם, לימים מייסד ארגון אל-קאעידה.
לאחר סוף לימודיו, שאותם סיים בהצטיינות, עבד כרופא בפקיסטן. בהמשך חזר למצרים, והיה אחד מתוך 1,500 הגורמים הטרוריסטיים והמיליטנטיים בארגון האחים המוסלמים שנעצרו ונכלאו לאחר רצח הנשיא אנואר סאדאת, בשנת 1981. ההערכה בקרב רבים, כי תקופת שהותו בכלא המצרי חיזקה והמריצה את האידאולוגיה הקיצונית שלו.
כמה שנים לאחר שנכלא, שוחרר א-זוואהירי, והגיע לאפגניסטן, והצטרף למלחמה נגד צבא ברית המועצות במדינה. באותם ימים הכיר הרופא הצעיר את בן לאדן, ומאז פעלו השניים בצוותא. הוא ליווה את בן לאדן במשך שנים ארוכות, כולל במשך פעילותו בסודאן וביסוס מעמדו של ארגון אל-קאעידה בזירה הבין-לאומית.
בסוף שנות ה-90 נעשה האיחוד הרשמי בין ארגון הג'יהאד המצרי שהוביל א-זוואהירי עם ארגון אל-קאעידה של בן לאדן, והשניים פרסמו יחד פסקי הלכה משותפים נגד היהודים והצלבנים. בתוך זמן לא רב, הוכתר א-זוואהירי כסגנו של בן לאדן באופן רשמי.
במאי 2011 הוא מונה רשמית לעמוד בראש ארגון אל-קאעידה, לאחר חיסולו של אוסמה בן לאדן. לאורך השנים הוא נעלם מן העין במידה מסוימת, הקפיד להפיץ נאומים ודרשות מוקלטים ובהם העביר בעיקר מסרים דתיים. בזמן כהונתו כמנהיג, ירד הארגון מגדולתו כמוביל בשורת טרור הג'יהאד העולמי, אך עדיין נותר כשם חשוב ובכיר בעולם.