הייעוץ המשפטי התנגד, חוות הדעת של זיני הוגשה בכל זאת
מקורות בשב"כ טוענים כי ראש הארגון, דוד זיני, הוא זה שגיבש את חוות הדעת שלפיה יש לדחות את עדותו של נתניהו במשפטו • היועץ המשפטי של השב"כ נחשף אליה בשלב מתקדם מדי, והוא סבר שיש בה "טיעונים בעייתיים" • חוות הדעת גם הביאה למחלוקת בארגון, שסירב להתייחס

חוות הדעת שהוגשה על ידי ראש השב"כ דוד זיני, שלפיה יש לדחות את עדותו של ראש הממשלה בבית המשפט המחוזי בתל אביב משיקולים ביטחוניים - גובשה שלא על דעתו ולא על הסכמתו של היועץ המשפטי של השב"כ, כך פרסמנו אמש (חמישי) ב"מהדורה המרכזית".
על פי מקורות, זיני היה זה שגיבש אותה, יחד עם גורם בכיר נוסף בארגון. היועץ המשפטי של השב"כ, שנחשף אל חוות הדעת בשלב מתקדם בלבד, סבר שיש בה טיעונים בעייתיים ושיש לבצע בדיקות נוספות בשורה של פרמטרים שנכללו בחוות הדעת, לפני שהיא מוגשת לבית המשפט.
בשורה התחתונה, היועץ המשפטי של השב"כ הסתייג מחוות הדעת הזו, וסבר שלא צריך להגיש אותה, וזו הסיבה גם שהיא לא הועברה לפרקליטות, אלא הוגשה ליועץ המשפטי של הנהלת בתי המשפט.

חוות הדעת הזו של השב"כ גרמה למחלוקת גם בתוך הארגון, כשעובדים מתארים תחושות של פוליטיזציה וחוששים ששיקולים לא ענייניים מצאו את דרכם לאותה עמדה של הארגון הביטחוני.
בשב"כ לא הסכימו להתייחס לטענות. הידיעה על חוות הדעת של השב"כ בעניין משפט נתניהו פורסמה לראשונה ב"חדשות 13".