לאחר עשור של פעילות, החליטה מערכת הביטחון להפסיק את פעילותה של עמותת "לחופש נולד". מי שהחליט על סגירת העמותה היה ראש הממשלה בנימין נתניהו, שקיבל בחום את המלצתו של שר הביטחון אהוד ברק, שהגדיר אותה כ"לא אפקטיבית".
בעקבות ההחלטה, מנכ"ל העמותה, האלוף (מיל') אייל בן-ראובן, החל לעבור בין שש המשפחות ולעדכנם. בשיחה איתו אמר בן-ראובן: "ההחלטה הזו מהווה פגיעה קשה במאמצים ובמחויבות של מדינת ישראל להחזיר את בניה הנעדרים הביתה - מתים או חיים".בנוסף, הופסקה הפעילות באתר החברה, וכאשר מנסים להעלות אותו מופיע הכיתוב "עמותת 'לחופש נולד', בעת הזו, משהה את פעילותה עד להודעה חדשה".
מטרתה של העמותה, שתוקצבה על ידי משרד הביטחון, הייתה להביא מידע על גורלם של ששת חיילי צה"ל המוגדרים נעדרים: זכריה באומל, צבי פלדמן ויהודה כץ הנעדרים מאז קרב סולטן יעקב במלחמת לבנון הראשונה, הנווט רון ארד, גיא חבר ומג'די חלבי. במהלך שנות פעילותה תוקצבה העמותה בסכום הקרוב למאה מיליוני שקלים.