אחרו שעות רבות של המתנה וניסיונות כושלים להביא להוצאתם של הפעילים בהסכמה, פרצו כוחות המשטרה לבית הכנסת בעמונה - המבנה האחרון במאחז. המתבצרים שסירבו להתפנות הציבו מכשולים, קשרו את עצמם לחפצים, ואף התעמתו עם הכוחות בזמן שאלו החליטו בסופו של דבר, לפרוץ למבנה.
לסיפורים הכי מעניינים והכי חמים – הצטרפו לפייסבוק שלנו
כבר ברגעיה הראשונים של הפריצה ניתן היה להיווכח בהיערכות המוקדמת של הפעילים. הדלתות נחסמו ברהיטים ומכשולי מתכת. זגוגיות בית הכנסת נחסמו במוטות ואף נצבעו בכדי לחסום את שדה הראייה של השוטרים.
לאחר מכן, עם כניסתם של הכוחות, הפעילים השתמשו במטף כיבוי ויצרו עשן רב. במשטרה ציינו כי הפעילים השליכו מוטות מתכת לעבר השוטרים וחפצים נוספים בכדי לעכבם.
כשנכנסו השוטרים לבית הכנסת, הם הבחינו בצעירים שהכינו עצמם מבעוד מועד לרגע כניסתם. הפעילים השתמשו בשלשלאות, קשרו עצמם זה לזה, ואף לצמיגים כבדים שהוכנסו מוקדם יותר לבית הכנסת.
מבט חטוף אל תוך המבנה זמן קצר לאחר שפונה, מספק מידע אודות השקפת עולמם של חלק מהפעילים ששהו זמן רב בבית הכנסת בציפייה לפינוי. על קירות ההיכל צויר צלב קרס ונכתבו הכתובות "ציונים מהגיהנום", "ציונאצים - סרבו פקודה" ו"ד"ש מהגבעות".
במהלך פינוי בית הכנסת נפצעו 17 שוטרים נפצעו, בהם כמה שנפגעו כתוצאה מחומר רעיל שפוזר אך מקורו טרם התברר. בסך הכול, במהלך יממת הפינוי נפצעו 41 שוטרים שלקחו חלק במבצע.