חילופי אש התרחשו הלילה (בין שבת לראשון) בין חמושים לבין כוחות צה"ל באזור העיר העתיקה בשכם. בצה"ל אישרו שכוחות הביטחון פעלו במקום, וכי אין נפגעים לכוחותינו. הפלסטינים דיווחו על כמה חמושים שנהרגו באירוע.
הפעילות התמקדה במעצר חמושים, שהיו אחראים לסדרה של פיגועי ירי לעבר כוחות הביטחון ולעבר קבר יוסף בשכם. הכוחות שפעלו במקום – גבעתי וימ"מ, נכנסו לקסבה של שכם כדי להגיע לדירת המסתור שבה היו המבוקשים. אחד מהם הוא איבראהים א-נאבולסי, חבר החוליה שביצעה פיגועי ירי וחוסלה לפני 4 חודשים לאור יום. לאחר קרב היריות, נכנסו הלוחמים אל הבית ואיתרו במהלך הסריקות אמצעי לחימה רבים, נשקים ומטעני חבלה.
מדובר צה"ל נמסר כי במהלך האירוע התפתחו הפרות סדר שכללו יידוי אבנים, זריקת מטענים וירי מצד החמושים. הכוחות הגיבו באמצעים לפיזור הפגנות ובירי. במקביל, לוחמי צה"ל ומג"ב עצרו שני מבוקשים בכפר קבאטיה.
א-נאבולסי היה היחידי שנמלט ביום שבו חוסלה החוליה לפני 4 חודשים, וכוחות הביטחון לא הצליחו להגיע אליו. בדירה שכותרה על ידי הכוחות, התפתחו חילופי אש בין הלוחמים לבין המבוקשים. חמושים נוספים הגיעו לסייע, וכוחות הביטחון ביצעו ירי של טילי כתף על הבית. דיווחים פלסטינים טענו בסיום האירוע כי כמה מחבלים נהרגו. חברי החוליה לא נעצרו וההערכה היא שכולם נהרגו.
לפי הדיווחים בשכם, צה"ל פעל במקום כדי לבצע מעצרים. עוד דיווחו הפלסטינים על פצועים בעימותים שפרצו באזור מחנה הפליטים ג'נין, משם יצאו עשרות מחבלים לכיוון שכם.
כאמור, פעילות צה"ל בשכם הלילה מגיעה כ-4 חודשים אחרי שכוחות הימ"מ חיסלו חוליה של שלושה מחבלים בשכם, לאור יום. על פי דיווחים, הבית המכותר הוא ביתו של המחבל הרביעי, חבר החוליה, שטרם חוסל. חברי החוליה היו אחראים לשורה של פיגועי ירי ואף תכננו להוציא לפועל פיגוע נוסף.
החיסול בחודש פברואר בוצע בעקבות מעקב של השב"כ, לאחר שהתקבלה אינדיקציה שהמחבלים ברכב, ככל הנראה בדרך לפעילות טרור. לאחר שהמחבלים הבינו שכוחות הביטחון סגרו עליהם - הם פתחו באש, ולוחמי הימ"מ, ובהם מסתערבים, הרגו אותם.
מפקד הימ"מ, נצ"ם ח', אמר אז בעקבות החיסול: "כוחות היחידה והשב"כ פעלו סביב השעון כדי לעצור את חברי החוליה. הלוחמים פעלו במקצועיות ודבקות במשימה תוך חתירה למגע. ברשות החוליה נתפסו שני נשקי M16 ובמהלך המעצר הם ניסו לפתוח באש ונוטרלו".