הפיגוע הקשה שאירע בבני ברק שלשום הביא את כוחות הביטחון לערוך מבצע נרחב במחנה הפליטים ג'נין הבוקר (חמישי). בצה"ל הבינו כי המחבל שהגיע ממרחב ג'נין נעזר בסייענים מהמקום - ולכן החליטו בפיקוד המרכז לערוך פשיטה במקום.
המבצע המשולב נעשה על ידי כוחות מסיירת גולני, דובדבן ויחידת המסתערבים. ההחלטה לשלב כוחות גדולים יחד, נעשתה על סמך ההבנה שמחנה הפליטים ג'נין נחשב לבירת הטרור - ועמוס בחמושים בכל פינה. בצה"ל הבינו שהפלסטינים יופתעו כי לא יאמינו שצה"ל ייכנס למחנה הפליטים, בגלל כמות החמושים.
במהלך המבצע נעצרו כמה מבוקשים שהיו מעורבים בפיגוע וסייעו למחבל להשיג את הנשק. בצה"ל נערכו לכך שיהיו חמושים שיתקבצו בסמוך וינסו לירות לעבר הכוחות תוך התנגדות למעצרים. לכן הכוחות פרסו מבעוד מועד צלפים באזור, שירו לעבר מי שפתח באש לעבר החיילים. התוצאה: ככל הנראה 4 הרוגים פלסטינים ו-9 פצועים.
במהלך המבצע, נפצע לוחם דובדבן שנורה בכתפו, במהלך הטיפול בו באחד הבתים - הוא הרגיש שמשהו מפריע לו לשכב - והחיילים הבחינו בנשק שהמחבל ניסה להסתיר בביתו. רק לאחר שהמבוקשים נתפסו, ולאחר איתור אמצעי לחימה - הכוחות יצאו החוצה. חשוב לציין כי ההחלטה לערוך את המבצע באור יום, ולהיכנס למחנה פליטים שנחשב מאוד עוין מהווה איתות ברור לארגוני הטרור במטרה להרתיע אותם.
בצה"ל מסרו: "במהלך הפעילות, מחבלים פתחו באש לעבר הכוחות. לוחמי צה"ל השיבו באש ופגעו בחמושים. לוחם צה"ל נפצע באורח קל ופונה לקבלת טיפול רפואי בבית החולים".