גם ביום כיפור השנה היו שירותי החירום בישראל עמוסים. בסך הכל 1786 בני אדם טופלו במהלך ערב החג והיום. בתחנות ובמוקדים טופלו 28אנשים, שחשו ברע או נפצעו. 57 התעלפו עקב הצום ו-6 נזקקו להחייאה. צוותי מד"א הוזעקו גם להעביר 120 יולדות לבתי החולים, ובתוך כך אישה אחת שכרעה ללדת בביתה בישוב רמת השרון ויולדה על ידי חובשי מד"א. גם השנה היו מקרים רבים של פציעת ילדים, עקב רכיבה על אופנים והחלקה על גליליות, סקטבורד ורולר-בליידס.
לאור הביקוש הגובר נערכו במד"א בכוננות שיא ליום המקודש ביותר בשנה, יום כיפור. תחנות מד"א ברחבי הארץ תוגברו בעשרות חובשים ואמבולנסים בנוסף לתקן שבמשמרות, כדי להיערך לקראת אלפי רוכבי האופניים והצמים שחשו ברע.
176 ילדים נפגעו ונזקקו לעזרה ראשונה.גם השעות שלפני החג גבו את מחירן: 55 בני אדם נפצעו ב-28 תאונות דרכים שאירעו ברחבי הארץ לפני החג. בראשון לציון נפצעו שני ילדים באורח בינוני ואחד קל מפגיעת רכב מסחרי שהשתולל בעיר, נסיבות המקרה נבדקות.
אירוע חריג נוסף נרשם בהתפרעויות בעכו, משם פונו 3 פצועים משלוש זירות שונות במצב קל. המתפרעים גם ניפצו חלונות בתחנת מד"א. מנכ"ל מד"א, אלי בין, אמר "פגיעה בצוותי מד"א או בתחנות מד"א היא בלתי נסבלת מבחינת הארגון. אני קורא למצות את הדין כנגד אותם מתפרעים".
כמו כן, נרשמו השנה בערים שונות תקריות של הפרעה לצוותי האמבולנסים של מד"א על ידי בני נוער וילדים.יום הכיפורים תשס"ט היה יום עבודה עמוס עבור צוותי מגן דוד אדום. צוותי מד"א העניקו ל-1786 בני-אדם סיוע רפואי: ביניהם 2 ילדים פצועים בינוני, עשרות ילדים רוכבי אופניים, 57 צמים שהתעלפו ו-120 יולדות.