לאחר כשבועיים של מצוד - נתפסו כל הנמלטים: שני המחבלים האחרונים שנמלטו מכלא גלבוע נתפסו הלילה (ראשון) בג'נין כשהם בחיים. כוחות הביטחון נכנסו לעיר באישון לילה וכיתרו את הבית בו הסתתרו הנמלטים, איהם כממג׳י ומונאדל אינפיעאת, במזרח העיר. לאחר שסירבו המחבלים לצאת ולהסגיר את עצמם, פתחו הלוחמים באש לעבר הבית - ואז יצאו המחבלים בריצה מהבניין בידיים מורמות וללא נשק - והסגירו את עצמם לידי כוחות הביטחון. בנט: "מבצע מרשים ומהיר של כוחות הביטחון. את מה שהתקלקל - אפשר לתקן".
כוחות הביטחון יצאו למעצר בסביבות 1:00 בלילה בעקבות מידע מודיעיני מדויק שהתקבל מאמ"ן ומהשב"כ, והוביל את הלוחמים לבית שבו הסתתרו האסירים. צוותי ימ"מ, סיירת חרוב, יחידת המסתערבים של מג"ב וכוחות נוספים כיתרו את הבית והשכונה שבה הם הסתתרו, וכרזו למחבלים לצאת מהבית בסביבות 2:00 בלילה. מרגע תחילת המעצר - בתוך רבע שעה יצאו שני המחבלים מהבית עם ידיים מורמות.
תם ונשלם.
— Naftali Bennett בנט (@naftalibennett) September 19, 2021
כל ששת המחבלים נתפסו ויחזרו לכלא, במבצע מרשים, מתוחכם ומהיר של השב״כ, המשטרה וצה״ל.
אני רוצה להודות לכוחות הביטחון שפעלו, לילות כימים, גם בשבת ובחג, כדי להביא את האירוע לידי סיום.
את מה שהתקלקל - אפשר לתקן.
יחד עם המחבלים הנמלטים נעצרו גם שני סייענים. כלל העצורים הועברו להמשך חקירת כוחות הביטחון. רק ביממה האחרונה התברר ש-2 האסירים מסתתרים יחד בג'נין, עד אז ההנחה הייתה שאחד מהם מסתתר בשטחי ישראל. לאורך כל הפעילות נזרקו מטעני חבלה לעבר הכוחות, והם ניהלו אש עם חמושים בעיר, לא דווח על נפגעים לכוחותינו.
"נערכנו במשך ימים לפעילות המורכבת"
רה"מ נפתלי בנט כתב הבוקר בציוץ בטוויטר תגובה ראשונה על מעצר השניים. "תם ונשלם", כתב. "כל ששת המחבלים נתפסו ויחזרו לכלא, במבצע מרשים, מתוחכם ומהיר של השב״כ, המשטרה וצה״ל. אני רוצה להודות לכוחות הביטחון שפעלו, לילות כימים, גם בשבת ובחג, כדי להביא את האירוע לידי סיום. את מה שהתקלקל - אפשר לתקן".
השר לביטחון הפנים עמר בר לב אמר שעות לאחר המעצר כי הוא "מודה למשטרת ישראל ולכוחות צה״ל והשב״כ המסייעים על השלמת המרדף, מתחילתו ועד סופו". הוא הוסיף: "גאה בכוחות על המיומנות שהובילה לאיתורם ולכידתם של ששת המחבלים הנמלטים".
"המצוד תם בצורה מוצלחת אך המשימה עדיין לא נגמרה", אמר בר לב. "יש לוודא שאירוע כזה לא יחזור על עצמו גם בעתיד - ולכן בימים הקרובים אביא לאישור הממשלה את הקמת ועדת הבדיקה הממשלתית, שלה אורה לבדוק את השתלשלות הנסיבות שהובילו להתרחשות ההימלטות, מסקנות והמלצות באשר למכלול ההיבטים הפרטניים והמערכתיים שהאירוע עורר".
גם מפכ"ל המשטרה רנ"צ יעקב שבתאי הגיב ללכידת המחבלים: "מאז שנמלטו המחבלים פעלה משטרת ישראל יחד עם שאר ארגוני הביטחון, ותוך מצוד מודיעיני, חקירתי ומבצעי והודות לשיתוף הפעולה יוצא הדופן בין כל הארגונים, משטרה, שב"כ וצה"ל - הצלחנו יחד לסגור מעגל".
"ככל שהזמן חלף ידענו שמקום הימצאותם הוא בג'נין. נערכנו במשך מספר ימים לפעילות המורכבת, והלילה לאחר שהתקבל המידע לו חיכינו, ניתן האות לפעילות הכוחות כשבחזית לוחמי הימ"מ. מערכת הביטחון כולה ואנו, שוטרי ולוחמי משטרת ישראל המשטרה נמשיך לפעול באופן נחוש והתקפי למען ביטחון אזרחי ישראל".
מנגד, דובר חמאס חאזם קאסם התייחס אף הוא לתפיסת המחבלים, ואמר כי "למרות המעצר, מבצע הבריחה הוא הוכחה לחולשה של מערכת הביטחון הציונית. מה ש-6 האסירים עשו הוא מעשה גבורה והישג גדול במאבק של העם הפלסטיני". הוא חזר בשם הזרוע הצבאית של חמאס על ההבטחה, שלפיה "ששת האסירים יהיו בראש הרשימה של עסקת חילופי שבויים לכשתהיה".
לאחר כשבועיים של מצוד נתפסו כל ששת המחבלים שנמלטו מכלא גלבוע. לפני 9 ימים לכדו כוחות הביטחון את זכריא זביידי ומוחמד עראדה בכפר אום אל-גאנם בצפון הארץ, שעות ספורות לאחר שנלכדו שני אסירים נוספים - מחמוד עראדה, אחיו של מוחמד, ויעקוב קאדרי, בנצרת.
שר המשפטים גדעון סער היה הראשון בממשלה להגיב על לכידת המחבלים בג'נין, ומסר: "מברך את כוחות הביטחון על סיום המבצע המוצלח ללכידת המחבלים שנמלטו מכלא גלבוע. יישר כח על הנחישות, המקצועיות והדבקות במשימה!".