מטעמו של השר אורי אריאל נמסר בתגובה: "מבקר המדינה הבהיר כי המלצתו על בדיקת יועמ"ש מתייחסת לעמותות ולא לשר. שר החקלאות מכבד את קביעות המבקר וכבר הנחה את הגורמים הרלבנטיים לפעול בהתאם להנחיות המבקר. המבקר לא ממליץ להעביר לבדיקה את פעילות השר, אלא את פעילותן של עמותות מסויימות, שלשר לא היה כל קשר לתקצובן בפועל. השר גאה על פועלו להפוך את פרוייקט הגרעינים המשימתיים לתוכנית ממלכתית, אשר אומצה ואושרה רשמית בידי הממשלה וכל שומרי הסף".