רגע לפני גיל 36 ואחרי שלא נספר במשך תקופה ארוכה על ידי מאמן הנבחרת האחרון, ווילי רוטנשטיינר, ליאור רפאלוב הודיע הערב (שלישי) רשמית על פרישה מהמדים הלאומיים.
את הבכורה שלו במדי הנבחרת ערך רפאלוב באוגוסט 2008, כשנכנס כמחליף בהפסד 2:1 לנבחרת בלארוס. בסך הכל הוא ערך 40 הופעות במדים הלאומיים והבקיע שישה שערים, שלושה מהם במשחקי ידידות. ההופעה האחרונה שלו במדים הלאומיים, אגב, היתה אי שם באוקטובר 2017, בניצחון של הנבחרת 0:1 על ליכטנשטיין.
מעמדו של כוכב אנדרלכט בנבחרת היה על הפרק במשך תקופה ארוכה, בעיקר לנוכח הכושר המצוין בו הוא נמצא בבלגיה, כושר שהביא אותו לזכייה בנעל הזהב לשחקן המצטיין בליגה המקומית בשנה שעברה. רוטנשטיינר, מצידו, הסביר מצידו כי לא רצה לזמן את רפאלוב ולהפוך אותו לשחקן מחליף בנבחרת, במיוחד במעמדו.
