לאחר הפיגוע הרצחני מוקדם יותר בחווארה התקיימה הערב הערכת מצב של מפקד פיקוד מרכז אלוף יהודה פוקס, מפקד אוגדת יהודה ושומרון, שב"כ וראש המנהל האזרחי.
במהלך הדיון הוצגו הצעדים המבצעים והמודיעינים במסגרת המאמץ לתפיסת המחבל ובמקביל לזה גם חיזוק ההגנה ביהודה ושומרון. על פי גורמים במערכת הביטחון ישנו קצה חוט בחקירת הפיגוע, אולם לא ניתן לפרט מעבר לכך.
לאחר הערכת המצב הוחלט על הגברת הבידוקים סביב העיר שכם, כאשר יתכן כי משם יצאו המחבלים, ובנוסף גם על תגבור במרחב השומרון בישובים, צירים וצמתים. חטיבת שומרון ואוגדת איו״ש תוגברו בכוחות לוחמים ובכוחות מג"ב.
בינתיים בשטח נמשך המצוד אחר המפגע או המפגעים. מדיווחים פלסטינים עולה כי כוחות צה"ל מבצעים סריקות במספר מוקדים, אולם עיקר המצוד כרגע הוא מודיעיני, בהובלת שב"כ ויחידות אגף המודיעין של צה"ל. יחידות מיוחדות כבר נמצאות בגזרה, מחכות לידיעת הזהב שתזניק אותם לסיכול מי שביצע את הפיגוע.
במקביל לכל זה התפתחו הערב עימותים קשים בחווארה, כאשר יהודים תושבי האזור הגיעו לשם. צה"ל ומג"ב נאלצו לשלוח כוחות רבים כדי לפזר את ההתפרעויות.
בפיגוע הירי מוקדם יותר בעיירה חווארה דרומית לשכם נרצחו שני האחים הלל ויגל יניב זכרם לברכה, שנורו ברכבם מטווח קצר על ידי מחבל שברח מהמקום והצליח להימלט. בשעות שלאחר הפיגוע יצאו כוחות הביטחון למצוד אחריו ומבצעים סריקות נרחבות על מנת לאתר את המחבל.