הפרסומים בדבר סיכום על העברת חלק מהסמכויות על מתאם פעולות הממשלה בשטחים והמנהל האזרחי לידיו של בצלאל סמוטריץ' וסגן שר מטעמו במשרד הביטחון, במסגרת ההסכמים הקואליציונים המתגבשים, גרמו לתגובות חריפות, בין היתר של ראש הממשלה היוצא יאיר לפיד והרמטכ"ל לשעבר גדי איזנקוט, כיום במפלגת "המחנה הממלכתי".
מדובר בתקדים המשפיע על תחומים רבים, החל ממינוי קצינים בכירים על ידי גורמים פוליטיים שאינם שר הביטחון, אחריות הצבא על השטח שבמחלוקת כולל בנייה אזרחית, ותיאום של צה"ל עם מנגנוני הביטחון של הרשות הפלסטינית.
מתפ"ש - מהיתרים ועד תיאום ביטחוני
מתאם פעולות הממשלה בשטחים (מתפ"ש) זו יחידה במשרד הביטחון האחראית המדיניות של הממשלה בשטחי יהודה ושומרון וחבל עזה. היחידה אחראית בין השאר על היתרי הכניסה של פועלים פלסטינים לישראל, על התכנון, הבניה והתשתית בשטחים, כשזה כולל אכיפה בתחום הבניה הלא חוקית.
הם גם אחראים על התיאום האזרחי והביטחוני מול מנגנוני הביטחון של הרשות הפלסטינית, ועל התיאום מול הארגונים הבינלאומיים ביהודה ושומרון. בראש המתפ"ש עומד קצין בדרגת אלוף הממונה על ידי שר הביטחון, כאשר לרמטכ"ל יש השפעה על המינוי.
מפקד מתפ"ש, כיום אלוף רסאן עליאן, הוא חבר בפורום מטכ"ל לכל דבר ועניין. ככזה הוא מצוי בכל פרטי פעילות צה"ל בכלל הגזרות, בטח במקרים בהם פעולה בגזרה אחרת יכולים להשפיע על המצב גם בשטחי יהודה ושומרון.
המנהל - תיאום, קישור ובנייה לא חוקית
אחת מיחידות המתפ"ש היא המנהל האזרחי. יחידה זו כוללת את מנהלות תיאום וקישור (מת"קים) שאמונה על הקשר על הקשר השוטף עם גופים אזרחיים פלסטינים, תושבים וכן עם נציגי ההתיישבות הישראלית. על יחידה זו מפקד קצין בדרגת תת-אלוף שממונה על ידי הרמטכ"ל, באישור שר הביטחון.
המנהל האזרחי אחראי גם על נושא הריסת מבנים לא חוקיים, כשהחוששים ממתן הסמכויות לסמוטריץ' סבורים כי הוא עלול לאשר הריסה של הרבה יותר מבנים בלתי חוקיים של פלסטינים, מאשר של יהודים. בתחום הביטחוני, החשש הוא שאם יקרו מהלכים כאלו הם יבעירו עוד יותר את השטח.
חשש נוסף מהשינויים המתוכננים הוא מההתקבלות של המהלכים בזירה הבינלאומית. מעבר להתבטאויות, ארה"ב עלולה בתגובה לעכב או למנוע אספקת ציוד וחלקי חילוף לאמל"ח מתוצרתם, דברים שקרו בעבר. גם העובדה שחיל האוויר מתבסס על כלי טיס אמריקאים היא מנוף לחץ עבורם. גם באירופה מיוצרים חלקים ורכיבים שונים של הטנקים הישראליים ומדינות שם עלולות לפגוע באספקתם. עיקר הייצוא הישראלי הוא לאירופה, שעלולה להגיב בצעדים כלכליים.
ספק גדול אם שר הביטחון המיועד, תהיה זהותו אשר תהיה, יסכים לוותר על הסמכויות שלו, בין אם בתחום מינוי הקצינים ובין אם במדיניות בשטחים. הלכה למעשה, העברת חלק מהסמכויות של הגופים האלה להשפעה חיצונית פוגעת בהשפעה ובשליטה של צה"ל בשטח, משום שאלה פועלים שם תחת האחריות של אלוף פיקוד המרכז.
העובדה שעל פי הפרסומים ישנה תוכנית נוספת, והיא להעביר את מג"ב איו"ש לאחריות המשרד לביטחון לאומי, עלולה לפגוע באופן משמעותי ביכולת של האלוף לשלוט בשטח ומכאן גם ביכולת של צה"ל והרמטכ"ל לעשות זאת.