כשבועיים לאחר חיסול "ראש הנחש" של אל-קעידה בתימן, אנוואר אל-עוולקי, ספג הארגון מהלומה קשה נוספת - כשבנו של האיש, שנחשב ליורשו בהנהגת קבוצת הטרור, נהרג אף הוא. אברהים אל-באנא, בנו של אל-עוולקי ויליד מצרים, נחשב מאז מות אביו לדמות הבכירה ביותר של אל-קעידה בחצי האי ערב. שר ההגנה התימני הודיע כי הוא נהרג בהפצצת מטוסי חיל האוויר של ארצו בחבל שאבווה שבדרום המדינה, יחד עם שישה פעילים נוספים בארגון.
אל-באנא היגר ממצרים לתימן ב-1993 ונותר שם עד מותו. תחילה הוא שימש מורה, ומאוחר יותר מצא את מקומו בקרב גורמים איסלאמיים באוניברסיטת "אל-אזהר", שהלימודים בה נעשים לפי חוקי השריעה הנוקשים. יחד עם חברים נוספים הצטרף אל-באנא לשורות אל-קעידה.
במשך שנות חייו הקפיד אל-באנא לשמור על קשר רציף עם תנועת "האחים המוסלמים" במצרים, ולפי פרסומים שונים - אף היה אמון על הסדר התקפות של הארגון בעירק. אל-באנא נאסר, אך הצליח להימלט מהכלא התימני בשיאן של המהומות נגד השלטון במדינה. עד מותו חששו גורמים שונים בתימן ומחוצה לה כי ביום שאחרי הדחתו של הנשיא המכהן, עלי עבדאללה סלאח, מתפקידו - עלול היה אל-באנא לתפוס את מושכות ההנהגה בצנעא.
למרות הודעת שר ההגנה התימני, טענו עדי ראייה מקומיים למתקפה שבה נהרג אל-באנא כי המטוסים שביצעו את ההפצצה היו זרים - ולא מקומיים. בחלק מהפרסומים, שלא זכו לאישוש מטעם מקור רשמי, נטען כי חיל האוויר האמריקני הוא שעומד מאחורי החיסול.