לוחמי צה"ל, בפיקוד אוגדה 36 ובהשתתפות כוחות מיוחדים מיחידות שלדג, יהל"ם ועוקץ, חשפו בהכוונת שב"כ ואמ"ן, תוואי מנהרת טרור באורך של כ-55 מטרים ובעומק של כ-10 מטרים מתחת לבית החולים שיפא.
כוחות צה"ל חשפו פיר מנהרה, וגרם מדרגות עמוק המוביל לפתחו. הפיר שנמצא הכיל אמצעי הגנה שונים, בהם דלת הדף וחרך ירי. הדלת שימשה את מחבלי חמאס לחסימת יכולת הכניסה של כוחותינו למפקדות ולנכסי תת-הקרקע של ארגון הטרור הרצחני.
פיר המנהרה אותר בשטח בית החולים מתחת לסככה, שבה היה גם רכב ועליו אמצעי לחימה רבים הכללו, בין היתר, RPG, מטענים ונשקי קלצ’ניקוב. לאחר פיצוץ הרכב הממולכד - נחשפה המנהרה.
בתיעודים שפרסם דובר צה"ל ניתן להבחין בקרבה של מנהרת הטרור למחלקה הפנימית בבניין הקטרי ולמחלקת חזה של בית החולים. עוד אותרו מטעני נפץ במחלקת הפיזיותרפיה, חדר חקירות במחלקת הלב, ואמצעי לחימה ומודיעין במתחם ה-MRI.