הרב הראשי לשעבר מרדכי אליהו התמוטט בצהריים בביתו בירושלים ואיבד את ההכרה. צוותי מד"א טיפלו בו בביתו, ובהמשך פינו אותו לבית החולים "שערי צדק" בירושלים, שם הוא אושפז במחלקה לכירורגיית לב. הכרתו כעת מוגדרת "מעורפלת".
מצבו הרפואי של הרב בן ה-80 כבר ידע עליות ומורדות בשנים האחרונות. במהלך חג הפסח בחודש אפריל בשנה שעברה, לקה הרב בליבו. במהלך אשפוזו בטיפול הנמרץ עבר ניתוח מעקפים. מספר ימים לאחר הניתוח, עבר הרב גם אירוע מוחי.
באוקטובר 2008 עבר הרב ניתוח לב פתוח, במהלכו הוגדר מצבו אנוש, אולם הוא התאושש מחוליו. בחודש מאי השנה עבר הרב אליהו צינתור ברגלו בבית החולים בילינסון בפתח תקווה.
הרב מרדכי אליהו ידוע בפסיקותיו ההלכתיות המחמירות והבלתי מתפשרות. בין השאר, פסק בעבר כי לספרדים אסור לאכול מצה שמיוצרת באופן תעשייתי ("מצה עשירה"), קרא שלא לחתום על כרטיס לתרומת איברים וגם אסר על אכילת טחינה וחומוס.